在没有灯塔的年代，航海之人最怕海上迷航，在黑夜里撞上了礁石，或者大风浪之中找不到避风港。妈祖经常为海上迷航的船只指点方向，这位女神身着红衣的形象本身便具有象征意义：她是一位伟大的导航使者。相传郑和下西洋时，途经福建洋面遇到风暴，海上浊浪滔天，船只颠簸摇荡，天空漆黑无光，船工们茫然不知所向。郑和想起海神妈祖，仰天祷告。祷告毕，只见在船头隐约出现了一盏红灯，妈祖信步浪尖从容导航。于是船队紧跟前进，脱离危险进入避风港。 另一个故事讲到：大风浪之夜，妈祖发现有一支来自阿拉伯的船队在海上迷失航向，处于危险之中。妈祖便把阿爸、阿妈叫出门，一把火点着了自己家的茅房，燃起熊熊火焰。 黑夜中的船队看到了一片火光，于是辨明了陆地方向，将船驶入湄洲湾秀屿港而化险为夷。当外国商人看到妈祖家的残垣断壁时，无不感动流泪。正是这种不避亲疏的博爱胸怀，使妈祖成为一切海上谋生的人们所敬爱的海上女神。

甘霖救旱：相传妈祖二十一岁的时候，莆田地方出现大旱，全县百姓都说非妈祖不能救此灾害。于是，县尹亲往向妈祖求救，妈祖祈雨，并说壬子日申刻就会下大雨。到了那天，上午晴空无云，丝毫没有要下雨的征兆，申刻一到，突然乌云滚滚，大雨滂沱而下，久旱遇甘雨，大地恢复往日生机。

苦雨祈晴：相传妈祖二十六岁时，那年上半年，阴雨连绵，福建与浙江两省倍受水灾之害。当时当地官员上奏朝廷，皇帝下旨就地祈雨，但祈求毫无改观。当地请求妈祖解害，妈祖道：灾害是人积恶所致，既然皇上有意为民解害，我更是应当祈天赦佑。于是焚香祷告，突然天开始起大风，并见云端有虬龙飞逝而去，天空晴朗了。那一年百姓还获得了好收成，人们感激妈祖，省官于是向朝廷为妈祖请功并准得到褒奖。