在南海西沙群岛的永兴岛，清代建立了海神妈祖庙。那里既是渔区，又是我国航海必经之地。今人在岛上发现两座珊瑚小庙，其中一座是妈祖庙，庙内还有清代青花瓷香炉。当时，在海南岛沿海，清代也建立了天后宫。嘉庆十八年（1813年）间，一位叫陈嘉兴的商人在海南万宁南燕岭上建起了海南第一座妈祖庙，也就是现在遗址的万州南燕湾的“南燕婆庙（天后宫）”，凡经过海运通商的商人都要到此祭拜保平安，经过几个时代的修建，成为海南规模最大的妈祖庙，占地36000平方米。

早在宋元时代，妈祖文化便随福建或广东商人落籍海南，他们乘船渡海而来，一定要拜祭妈祖。明万历《琼州府志》写道：“今渡海往来者，官必告庙礼，而民必祭卜方行。”每逢妈祖诞辰（三月二十三）和忌日（九月初九），岛上大都举行游神、演戏等活动，春秋两季，年年如此，有关海南的各种史书和方志对妈祖庙也多有记载。据考证，整个元代，海南岛的妈祖庙仅有5座，明清两代却增加了42座，遍布琼州府的13个州县，数量最多的是文昌县，达11座之多，其次是万宁，目前经查证保存较好的有：海口市中山路有一座占地1000多平方米的天后宫，曾是海南香火最盛的妈祖庙。由于得不到应有的保护，如今已残破不堪。海口新埠岛有天后宫6座，临高的调楼和新盈等沿海乡镇王得村有两、三座妈祖庙。实际上，在海南岛只要是有港口、码头和商埠的沿海地区都有妈祖庙，数量之多估计超过100座。但这些庙由于文化大革命期间，都已残破不堪。

妈祖文化在海南的传播以明清两代最为兴盛。槩南大学历史系副教授王元林博士，对明清时期海南的妈祖信仰现象进行系统梳理时发现：在两代新建和重修妈祖庙的活动中，有确切姓名记载的近70人，其中政府人员有58人，他们大多数是当地的县令，知县；商人参与建庙的也近10人，他们大多数是外来经商者，如定安县街东向的天后庙，便是万历年间由广府南顺拳三邑（广东南海、顺德和新会三县）商民所建；万州朝阳街的妈祖庙，一由五邑（鹤山、台山、恩平、开平和新会）客商所建，南燕婆庙（天后宫）是由潮州客商倡建。

明清两代也是汉族移民上岛的高峰期。明清上岛移民主要来自两广、福建和江南一带，尤其是与妈祖同乡的福建人，本就信仰妈祖，他们的到来为妈祖信仰在海南岛的进一步发展，提供了更为广泛的民俗基础。此外，明清时期海南屡遭海盗侵扰，政府官员和民众都寄望妈祖来庇佑他们的生命财产，加上当时一些妈祖“显灵”的传说，更加让人依赖妈祖是无所不能的。